Meskipun secara historis memilki daerah distribusi yang cukup luas, tetapi beberapa survei kontemporer menemukan bahwa spesies ini telah hilang/tidak ditemukan (punah secara lokal) untuk beberapa tahun terakhir-sekitar 10 tahun belakangan ini– dibeberapa daerah yang sebelumnya tercatat sebagai habitatnya, seperti di Sumatera Utara, Riau dan Jambi (Mistar, 2012; Kholis, 2010). Daerah dimana spesies ini masih ditemukan (evidence) adalah di Suaka Marga satwa Karang Gading, Kabupaten Langkat(Kholis, 2010; Mistar, 2012) dan perairan hutan lindung kawasan bakau di Kabupaten Aceh Tamiang (Guntoro, 2010). Berdasarkan jumlah sarang telur dan individu yang ditemukan dapat dinyatakan bahwa perairan hutan bakau Aceh Tamiang memiliki populasi yang lebih banyak dibandingkan di Karang Gading (Guntoro, 2010) sehingga upaya pemulihan populasi lebih feasible dilakukan di daerah ini.

Beberapa faktor yang menyebabkan menurunnya populasi dan daerah sebaran habitat spesies ini adalah perburuan telur oleh penduduk di tiap musim bertelur yang tetap berlangsung hingga saat ini, perburuan individu dewasa secara massif yang terjadi di dekade 1980 hingga akhir 1990-an, hilangnya habitat disebabkan beralihnya wilayah perairan–sungai kecil dan daerah genangan air-hutan bakau menjadi lahan pertanian/perkebunan. Tahun 2010 teridentifikasi 144 ekor Tuntong Laut di wilayah pesisir Pantai Pusung Kapal, Kabupaten Aceh Tamiang. Data ini menjadi populasi awal baseline yang digunakan sebagai dasar program pelestarian Tuntong Laut. Menurunnya daerah sebaran dan populasi dicermikan oleh tingginya status tingkat keterancaman kepunahan yang dimiliki oleh spesies ini. Saat ini Tuntong laut (Batagur borneoensis) memiliki status criticallyen dangered menurut IUCN, terdaftar di Appendiks II plus zero quota forwild specimento trade dalam konvensi CITES, memiliki prioritas Sangat Tinggi dalam Permenhut P.57/Menhut-II/2008 tentang Arahasan Strategis Konservasi Spesies Nasional 2008-2018.